北京医院药学部为院长直接领导下的医院药学技术部门。随着北京医院药学事业的提升与发展，药学部不仅是药品保障的职能科室，也是集政策性、专业性、学术性、技术性、管理性和经济性为一体的综合管理和技术部门，担负着医院合理用药的重任。 药学部下设调剂室、药品供应室、药品质量检验室、临床药理室4个二级技术科室，医|学教育网搜集整理分别开展药品供应、调剂、静脉药物集中配制、制剂生产、药品检验、临床药学、I期新药研究、药事管理等业务技术工作。
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