第二军医大学药学系创建于1949年10月，是全军培养药学专业高级人才的重要基地。设药物化学、药物分析学、药理学、药剂学、生药学、天然药物化学、有机化学、无机化学、医|学教育网搜集整理药事管理学、生化药学等10个教研室和药物分析测试中心，主要承担药学本科教学任务和硕士、博士生的培养任务。
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