复旦大学药学院（原上海医科大学药学院）创建于1936年，是我国办学历史悠久和最具影响力的高等药学院校之一。学院创立初期称为国立上海医学院药学专修科，继后分别更名为国立上海医学院药科、国立上海医学院药学院、上海第一医学院药学系、上海医科大学药学院。2000年4月，原上海医科大学与原复旦大学合并，定名为复旦大学药学院。目前药学院是全国高等医学教育学会药学教育研究分会副理事长单位。
药学院为药学一级学科博士学位授予权单位，建有药学一级学科博士后流动站。药学院学科齐全、师资力量雄厚，拥有二级学科博士点5个（药物化学、药剂学、药理学、生药学和生物化学）、二级学科硕士点6个（药物化学、药剂学、药理学、生药学、药物分析学和生物化学与分子生物学），并组建成：三大学科群，即药物化学学科医学教育|网搜集整理（原上海市重点学科，现由化学合成药物化学、生物合成药物化学、天然药物化学和生药学组成）、药剂学学科（国家重点学科，医学教育。网搜集整理现由药剂学、物理化学、放射药学、药物分析化学和医院药学组成）和药理学学科（上海市重点学科，现由基础药理学、临床药理学和生物化学组成）。