广西中医药大学基础医学院前身是广西中医药大学医疗系，1989年改名为基础部，1995年曾更名为医学系，2000年12月正式命名为基础医学院。
基础医学院下设行政、教学、科研、学生工作四个办公室，按中医基础学科类和西医基础学科类共设6个系（中医基础理论与经典系、中医诊断方药系、中医文史与各家学说系、人体形态学系、人体机能学系、公共卫生系），21个教研室以及2个直属实验中心（中西医基础实验教学中心、中医基础实验研究中心）。拥有硕士学位授权点7个（中医基础理论、中医诊断学、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中西医结合基础、微生物与生化药学）；4门省级精品课程（中医基础理论、中医诊断学、中国医学史、中西医结合生理学）；1个国家中医药管理局重点学科（中医各家学说）医学教育|网搜集整理、1个广西重点学科（中医医史文献）、5个校级学科（中医基础理论、中医临床基础、生理学、免疫学、人体解剖和组织胚胎学）；1个广西重点实验室（中医基础研究实验室）、1个广西高校教学示范中心（中西医基础实验教学中心），2个国家中医药管理局中医药科研二级实验室（分子生物学实验室、神经行为学实验室）。