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该刊被以下数据库收录：
CA 化学文摘(美)(2011)
CBST 科学技术文献速报(日)(2009)
Pж(AJ) 文摘杂志(俄)(2011)
中国科学引文数据库(CSCD—2008)
核心期刊：
中文核心期刊(2008)
中文核心期刊(2004)
应用与环境生物学报杂志社已发表论文目录：
1、外来入侵假臭草在中国分布区的预测邱宠华;王奇志;余岩
2、水体阿特拉津残留对千屈菜的毒性效应王庆海;张威;李翠;肖波;武菊英
3、绿僵菌钙传感蛋白基因克隆及其与致病性的关系李敏;曹月青
4、变形虫Naegleria sp.TH8的分离鉴定及食藻特性唐薇;李大平;杨暖;陶勇
5、悬沙胁迫下三疣梭子蟹仔蟹的RNA/DNA比率和DNA损伤李云;沈盎绿
6、椒江口海域浮游植物与富营养化的关系孙鲁峰;徐兆礼;邢小丽;康伟
7、荧光假单胞菌高效广谱载体的构建及分析曹庆华;邵欢欢;张义正
8、林木外生菌根真菌彩色豆马勃巢式PCR检测周爱东;吴小芹;叶建仁
9、保护地管理类别和功能分区结合体系夏友照;解焱;MACKINNON John
10、洞庭湖区退田还湖过程中小型兽类的生态位特征张美文;李波;王勇;郭聪
11、江西九连山阔叶林雪灾后主要树种残存量的恢复时间陈瑛;赵秀海;牛树奎;何俊
12、水稻锌指蛋白基因OsWIP6的克隆、表达及RNAi载体转化陈昌冬;牛向丽;刘永胜
13、锌对汞胁迫下小麦幼苗生理特性的影响袁宇飞;韩晓梅;李光德;张鹏;李瑞平
14、干旱胁迫和复水对梨幼树生理特性的影响孙继亮;李六林;陶书田;张绍铃
15、川西北高寒草甸两种蚯蚓的互作及其对土壤养分的影响阳小成;冯坚;吴新卫;李国勇