化学合成类制药产生较严重污染的原因是合成工艺比较长、反应步骤多，形成产品化学结构的原料只占原料消耗的5%-15%，辅助性原料等却占原料消耗的绝大部分，这些原料最终以废水、废气和废渣的形式存在。化学合成类制药废水的产生点源主要包括：1.工艺废水，如各种结晶母液、转相母液、吸附残液等；
2.冲洗废水，包括反应器、过滤机、催化剂载体、树脂等设备和材料的洗涤水，以及地面、用具等地洗刷废水等；
3.回收残液，包括溶剂回收残液、副产品回收残液等；
4.辅助过程废水，医学教育|网搜集整理如密封水、溢出水等；
5.厂区生活废水。
化学合成类制药废水主要来自反应器的清洗水，清洗水中包括未反应的原料、溶剂，以及伴随不同化学反应生成的化合物。