绿色制药是绿色化学的一个重要子项目，以治理污染作为设计、筛选药品的首要条件； 以低消耗、无污染、资源再生等方式实现制药工业的“生态”循环和“环境友善”及清洁生产的“绿色”结果。
1.原料绿色化。取代光气的原料：据报道热塑性树脂聚亚氨酯的世界年消耗量达数百万吨，传统工艺采用胺、光气和醇为原料合成，由于要使用剧毒的光气，且产生有害产物氯化氢，危险大，污染严重。美国Monsanto公司开发的绿色新工艺以CO2代替光气和伯胺直接生成异氰酸酯，整个过程没有废物排出。
2.反应介质绿色化。以水、医学教育|网搜集整理超临界二氧化碳、离子液体为反应介质，是高效绿色有机合成的必由之路。离子液体（Ionic liquid）是一种室温或低温下为液体的盐。具有熔点低，稳定性高，溶解性能好，易与产物分离，并可循环使用，受到有机化学家的青睐，是一种很有发展前景的反应介质。普拉睾酮（Pravadoline）是一种同化激素类药物，可促进子宫成熟。Seddon等完成离子液体中－该药的全合成，整个合成路线简单廉价，废弃物大大减少，离子液体还可以循环使用。
3.催化剂绿色化。高效绿色催化剂不仅可以缩短反应步骤，提高产品的纯度和产率，而且可减少三废的排放。目前，研究比较多的有：纳米分子筛、共轭固体超强酸、生物催化剂等。分子筛催化剂：异丙苯是一种重要的化工原料和药物中间体，我国的年产量在千万吨级，传统的方法是以苯为原料，在三氯化铝催化下，丙稀经烷基化反应生成，反应流程长，过程复杂，有大量的废水、废酸、废渣、废气排放，对环境造成严重污染。我国燕山石化公司采用沸石分子筛为催化剂，工艺流程大大简化，不用分离产物和催化剂，彻底消灭了废酸、废液的产生，废渣、废气排放也很少，且无毒、无腐蚀性。仅此一项改革，年经济效益增长上亿元。
4.产品绿色化。可降解塑料的研究。危害我们环境的白色污染物如果焚烧会放出二恶英等毒害气体，如果掩埋将需要200年的时间才能降解。用绿色化学技术研制的光降解塑料、微生物降解塑料、光-生物双降解塑料将彻底消灭白色污染，还人类一个清新的生活空间。绿色农药因其杀虫效率高，用量少，对人、畜无毒性，是高效农业发展的一个重要方向。美国DAS公司研制的杀白蚁杀虫剂hexaflumuron，其作用机理是通过抑制昆虫外壳生长杀死昆虫。对人畜无害，是至今被美国EPA登录的第一个无公害杀虫剂。
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