南昌大学药学系于2002年12月成立，目前有药理学、药物化学、天然药物化学、药剂学、药物分析学、药品营销与药事管理学、临床药理学、生物制药、药用植物与生药学9个教研室，1个江西省研究生教育创新基地。
药学系现有专职教师42人，其中博士生导师4人，硕士生导师21人，具有博士学位的教师17人。药学系现有药理学、药物化学、药物分析3个硕士学位点，在校硕士生100余人。2009年9月，药学系获批为首批江西省研究生教育创新基地。2010年药学系获药学一级学科硕士授予权，计划于2011年按一级学科招收研究生。药学系现有三个全日制本科专业（含方向），分别为药学专业药学方向、药品营销方向、临床医学专业临床药学方向，目前在校生总数为608人。