第二军医大学药学院始建于1949年，是全军唯一能培养各种层次药学人才的教学科研基地，其前身是国内开展药学教育最早的学校，有百年历史。半个多世纪以来，为军队与地方培养输送了数以万计的药学专业人才。
药学院地处国际化大都市——上海，环境整洁优雅。现有教学、科研、办公用房总建筑面积达2.1万m2，一个培育700余种植物的药用植物园和药用植物暖房。拥有600兆和300兆核磁共振仪各1台、超高效液相色谱与高分辨串联质谱联用仪1台，刀片服务器及网络系统1套，药物分子设计软件及数据库2套，激光共聚焦显微镜1台、医学教育|网搜集整理流式细胞仪1台、液相色谱仪30多台，液相-质谱联用仪6台等多种大型仪器，设备总值近1亿元。