上海交通大学药学院公共技术实验室由七个实验室组成：公共仪器实验室、动物实验室、细胞实验室、同位素实验室、药物制剂工程实验室、中药提取工程实验室和药物合成实验室。面积约1000平方米。公共技术实验室成立于2005年，主要由“985工程”投资建成。至2007年，总投资近1200万人民币，拥有大型贵重精密仪器设备20余台。典型的测试仪器有液质联用仪、毛细管电色谱仪、分析及制备高效液相色谱仪、蛋白纯化仪、流式细胞仪、超速离心机、荧光显微镜、光学显微镜、核酸蛋白分析仪、基因测序仪等多种类型的测试仪器。
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