上海医药工业研究院创建于1957年，曾隶属于化工部、国家医药局、国家药监局，2000年10月转制为国有重要骨干企业，先后隶属于中央企业工委、国务院国有资产监督管理委员会、中国国药集团公司，2001年7月工商注册登记，注册资金3692万元，现为中国医药工业研究总院的成员企业。
2010年4月，经报国务院批准，上海医药工业研究院整体并入中国医药集团总公司，成为其全资子企业。至此，国资委履行出资人职责的企业由127户调整为126户。
2010年12月，医学教育|网搜集整理由上海医药工业研究院、四川抗菌素工业研究所、上海现代制药股份有限公司、药物制剂国家工程研究中心、国家（上海）新药安全评价研究中心、中国医药工业信息中心等6家国内知名的科研与产业化机构整合而成的中国医药工业研究总院。