延边大学医学院前身是1948年10月1日成立的延边医科专门学校。1949年4月成立延边大学时，合并成为延边大学医学部。1958年8月从延边大学分立为独立的延边医学院。1996年，延边地区五所高校正式合并，延边医学院成为延边大学医学院；2005年4月，成立延边大学医学部，下设基础医学院、临床医学院、中医学院、药学院和护理学院。2012年3月，学校根据医学教育国际化的发展，基础医学院在原有规模基础上，成立了新的延边大学医学院。学院设有解剖学、生理学与病理生理学、病理学与法医学、预防医学、免疫学与病原生物学5个教研部，生物化学与分子生物学、药理学、细胞生物学与医学遗传学、组织学与胚胎学4个教研室，机能学、形态学、细胞分子生物学、预防医学4个实验教学中心。