麻醉科成立于1956年。在西南地区率先成立麻醉学教研室。1985年经国务院批准为硕士学位授予点。1999年经国家教委批准，正式成立重庆医科大学麻醉学系。2005年经国务院批准为一级临床医学学科博士点。 历届主任：董绍贤、蒋夏、房秀生、陈敦敏、李秀英。
现任主任：闵苏、陈萍。
该科立足临床麻醉并已发展成为集医疗、教学、科研为一体的二级临床学科。是重庆及西南地区麻醉技术力量和麻醉学专业教学实力最雄厚的科室及系部之一。拥有全国第一个麻醉学教学实验室，一个重庆市级医学中心（重庆市第一个疼痛治疗中心）。已形成了较为完善的现代麻醉学科体系，即临床麻醉，急救与复苏，PACU，疼痛诊疗。
全科有教授3位、副教授9位。博士导师1名、硕士导师7名。40岁以下师资均为博士和硕士。多人出国学习，目前有一名赴美国进行麻醉药理学的博士后研究。