昌平区中医医院始建于1984年，1992年12月正式建院。1995年6月被世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”，同年10月被国家中医药管理局评定为“二级甲等中医医院”，2009年2月成为“北京中医药大学昌平临床教学医院”，2012年9月顺利通过国家中医药管理局三级甲等中医医院的评审验收，于2012年12月以租赁方式开辟医院南院区（5000㎡），打造以健康体检、中医体质辨识、治未病、针灸按摩、内病外治等中医诊疗技术为主的中医综合诊疗区和健康管理中心，同时建立北京中医药大学临床教学基地。
医院现有职工935人，其中高级职称90人，专业技术人员占职工总数的86%，拥有固定资产1.41亿元。设有临床科室22个，病区11个，国家级中医重点专科2个，市级重点中医2个，院级重点专科2个，中医传统科室4个，“薪火传承”老中医工作室1个，医技科室10个，药剂科室10个专业组，分院2个，南院院区1个。开设床位402张。日门急诊人次3000余人次，年住院8733人次，年手术4700余台，平均住院日10.4天，年业务收入5.28亿元。承担市级科研课题4项，区级科研课题12项。现已成为昌平地区集中医医疗、教学、科研、防保为一体的综合性三级甲等中医医院。
医院在取得“三级甲等中医医院”的称号后，在中医药特色优势发挥、中医药人才梯队建立、中医特色专科建设、医护质量与安全管理、中医预防保健服务和中医药文化建设等方面进行了持续改进。在以中医为主，医'学教育网|整理中西医结合治疗心血管病、脑血管病、糖尿病、不孕症、骨伤疾病等方面取得了可喜的成绩。目前，心血管病科的介入治疗、心脏起搏器植入；脑病科的脑梗死前移治疗；糖尿病科的中西医结合治疗糖尿病肾病及糖尿病周围神经病变；外科的腹腔镜、膀胱镜微创手术；妇产科的腹腔镜、宫腔镜微创技术；骨伤科的手法正骨整复、关节镜微创技术、人工关节置换；口腔科的口腔种植体植入；皮肤科的银屑病中医特色疗法；针灸科的冬病夏治及董氏奇穴疗法；推拿科的熨帖及电蜡疗法等技术均处于我区领先水平。
近年来医院投入大量教育经费送出专业技术人员进修深造，其中5人入选为北京市中医管理局“125”人才。近年来，共发表学术论文255篇，国家级157篇，省市级98篇，参加国家级及省市级学术交流会议83次，荣获区级科技进步奖5项，局级科技进步奖11项。
医院先后积极引进临床所需设备，提高诊疗水平，保证业务发展所需。经过十几年的建设与发展，医院现拥有检验、超声、放射、内窥镜等一批先进的医疗设备。先后引进了核磁共振成像系统、螺旋CT机、彩色超声诊断系统、大C臂多功能心血管造影系统、小C臂系统、关节镜、光电中央监护、腹腔镜、电子胃镜、电子肠镜、全自动生化分析仪、骨密度仪、乳腺机、放免仪等先进的医疗设备。不仅为临床诊疗提供了可靠的诊疗依据，而且也为科研工作的开展创造了良好的条件。