温州医科大学药学院创办于2001年。设有生物治疗与生殖医学二级博士点、药学和中药学一级学科硕士点、中药学专业学位硕士点：“药理学与生化药学”为浙江省第二批重中之重建设学科。现有2个浙江省重点实验室和2个浙江省实验教学示范中心，建立了国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地、基因工程药物国家工程研究中心中试研究基地；具有1个国家认证的中药材GAP基地。
药学院设有药学系、中药学系医学|教育网搜集整理、生物制药系、临床药学系、实验教学中心和执业药师培训与继续教育中心。现有4个本科专业：药学、中药学、制药工程、临床药学。目前具有在校生约1000人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院药学系），其中博士研究生3人，硕士研究生180余人，本科生750余人，药学自考生50余人。学院已形成从自考、本科到硕士、博士等多层次较完善的药学教学体系。