云南大学“教育部自然资源药物化学重点实验室”是国家教育部2005年8月批准立项建设的省部共建教育部重点实验室。云南大学教育部自然资源药物化学重点实验室的方针是“立足资源，医学|教育网搜集整理服务云南，做出特色”。本重点实验室以研究云南的自然资源（动物、植物及微生物资源）的化学成分为已任，以获得高生理活性的天然产物及其类似物为导向，在从事创新性基础研究的同时，开发具有自主知识产权的新技术、新产品，努力实现科技成果的产业化，为国家和地方经济建设服务。
实验室凝聚全院（化学科学与工程学院）的科研力量，形成了一支以中青年骨干教师为主、学风严谨，富于创新，结构合理的学术梯队。自然资源药物化学重点实验室第一届学术委员会主任是孙汉董院士，实验室主任为张洪彬教授，副主任为刘建平教授，现有专兼职科研及管理人员50余人。其中博士生导师10人，人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，云南省中青年学术带头人及技术创新人才12人。目前，重点实验室仪器设备总资产达两千多万元，拥有“超导核磁共振仪（300兆及500兆各一台）”、“X-单晶衍射仪”、 “液相色谱/高分辨质谱仪”、“时间分辨红外光谱仪”、“液相色谱-质谱-质谱联用仪”、“超高效液相色谱仪”、“气相色谱-质谱联用仪”、“蛋白质纯化系统”、“制备色谱仪”、“元素分析仪”等大型仪器设备，拥有天然产物提取及分离实验基地。