浙江大学制药工程研究所成立于2000年，是由化学工程与生物工程学系教师队伍中从事与新药研发、制药技术相关的人员组建而成，下辖天然药物、化学合成制药、绿色制药技术、大孔硅基超分子识别材料、药物制剂功能材料等研究室。现有教职员工20人，其中教授和研究员7人、副教授9人、高级工程师1人，其中博士生导师10人。学科带头人为：任其龙教授、吕秀阳教授。
制药所在制药工程、生物化工、医学|教育网搜集整理过程工程和产品工程等博士点招收博士研究生，在化学工程与技术一级学科内招收硕士研究生，接受博士后研究人员及国内外访问学者，并负责制药工程本科专业的培养与专业指导。构成完整的本－硕－博三级人才培养体系。每年招收博士生8－12名，硕士生20－25名，为国家培养既懂得药物学知识、又掌握制药工程学能力的高级专门人才。近5年为制药工程专业90%以上的学生提供大学生训练计划（SRTP）项目，获得全国大学生挑战杯奖2项。