学校前身是成立于1951年的山东省昌潍医士学校，1958年扩建为昌潍医学院，1987年更名为潍坊医学院。1986年经国务院学位委员会批准成为全国第三批硕士学位授予单位。自2002年起，学校与山东大学、南方医科大学、华中科技大学等联合培养博士研究生。
学校现有15个教学部、系（院），设有16个本科专业，其中临床医学专业是全国高等学校特色专业，临床医学专业、公共事业管理专业、麻醉学专业是山东省高等学校特色专业，公共事业管理专业是山东省教学改革试点专业，护理学专业是山东省成人高等教育品牌专业。有24个硕士学位授权学科。人体解剖与组织胚胎学是山东省“泰山学者”设岗学科，人体解剖与组织胚胎学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、口腔医学是山东省省级重点学科，免疫学实验室、应用药理学实验室是山东省省级重点实验室，整形外科学、眼科学是山东省学科带头人设岗学科，眼科学、肛肠外科学是山东省医药卫生重点学科。学校是同等学力人员在职申请硕士学位和临床医学硕士专业学位授予单位、山东省高等教育自学考试护理学专业（独立本科段）主考院校、中国汉语水平考试（HSK）考点。山东省医学科技教育中心、山东省基层卫生管理干部培训中心设在学校。
学校始终坚持教学工作的中心地位，不断深化教育教学改革，注重提高教学质量。基础医学实验教学中心是山东省普通高等学校实验教学示范中心；人体解剖学、医学伦理学、病理学、生理学、组织学与胚胎学、药理学、医学影像学7门课程是山东省省级精品课程；医学心理学、医学伦理学是山东省教学改革试点课程。2004年以来，学校先后承担省级以上教学研究课题90项，获省级教学成果、实验教学成果、优秀调研成果奖励24项。
2004年以来，学校先后承担科技计划项目344项，其中，国家自然科学基金课题7项，省部级课题38项，厅局级课题162项；获省部级、厅局级科技成果奖励153项；公开发表学术论文3015篇，其中被SCI、EI、ISTP收录56篇。先后获国家专利24项，其中发明专利17项。部分科技成果进行了推广应用，取得了较好的经济效益和社会效益。学校主编的《社区医学杂志》、《潍坊医学院学报》是中国学术期刊综合数据库来源期刊。
学校现有教职工1096人，其中，专任教师814人，博士、硕士学位人员482人；有“泰山学者”特聘教授1人，博士研究生导师4人，硕士研究生导师200余人。人体解剖与组织胚胎学教学团队是山东省省级教学团队。先后有2名教师分别当选为党的十五大代表和九届、十届、十一届全国人大代表，3名教师被评为全国先进工作者，2名教师被评为全国劳动模范、获得五一劳动奖章，6名教师被评为全国模范教师或全国优秀教师，4名教师分别被评为全国师德先进个人、全国卫生系统先进工作者、全国三八红旗手、全国精神文明先进工作者，11名教师分别被评为山东省十大优秀教师、教学名师或优秀教师，18名教师被评为山东省中青年学科带头人学术骨干，23名教师被评为省市级专业技术拔尖人才，13名教师享受国务院政府特殊津贴。学校名誉院长、首席专家、山东省眼科研究所所长谢立信教授，2001年当选为中国工程院院士，成为目前国内眼科学界唯一、山东省医学领域第一个中国工程院院士。