厦门中山医院特色科室：
设有38个临床学科、10个医技科室、2个分院、2个分部、5个社区卫生服务中心；拥有国家临床重点专科消化内科医学|教育网|搜集整理、心内科；拥有厦门市临床检验中心、厦门市消化疾病诊治中心和厦门大学消化疾病研究所、厦门大学器官移植研究所、厦门市老年疾病康复研究所及厦门市肿瘤分子诊断与靶向治疗重大科技平台等重要医学中心和科研平台；为中华医学会消化内镜培训基地、福建省超声医学培训基地、全国健康管理示范基地；是福建省首批获卫生部审核批准开展人体器官移植技术的医院之一。
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