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郑州大学基础医学院前身为原河南医科大学基础医学院，继1928年河南医学院的创建而成立，曾培养了大批高级医学人才，在省内外享有很高的声誉。
现在的基础医学院下设13个教研室，1个实验教学中心，14个研究所，基础医学一级学科博士学位和硕士学位授权点，生理学、神经生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、药理学等5个生物学与药学硕士学位授权点，是国务院审批的首批获三级学位授予权的单位。有省级重点学科6个（病理学与病理生理学、人体解剖学与组织胚胎学、病原生物学、生物化学与分子生物学、神经生物学、药理学），省级优秀课程8门（人体解剖学、生理学、寄生虫学、微生物学与免疫学、药理学、病理生理学、组织胚胎学、医学遗传学），省级精品课程2门（寄生虫学、人体组织学与胚胎学），校级精品课程5门（生理学、人体解剖学、病理生理学、药理学）。现有教师137人，教辅68人。其中教授28人，副教授39人，高级实验师28人，博士生导师12人，硕士生导师46人，并有一大批青年教师作为教学、科研和临床实践研究的中坚力量。
近五年基础医学院承担各级科研项目278项，其中国家级课题13项，（均为国家自然科学基金）；省部级课题119项；厅、局级（省卫生厅、省教育厅研究课题）课题141余项。共获卫生部科技进步奖2项、省级科技进步奖25项、厅、局级科技进步奖30余项。