扬州大学医学院具有50多年的办学历史，是一所在全国首批设置临床医学（妇产科学专业方向）、率先招收中医学（中西医结合专业方向）、四年制护理学本科专业的医学院，也是迄今在全国唯一开设临床医学（皮肤性病防治专业方向）的医学院。自1989年以来，学院成为卫生部皮肤性病防治人才培养基地、司法部监狱管理医学和罪犯心理矫治等人才培训基地、劳动和社会保障部国家职业技能鉴定中心和司法部监狱管理局心理咨询师培训基地。
扬州大学医学院现设临床医学（含妇产科学专业方向，皮肤病学与性病学专业方向）、中医学（中西医结合专业方向）、护理学、药学（临床药学方向）等六个本科专业和方向，其中临床医学和中医学专业学制5年，护理学、药学专业学制4年。从2006年起，临床医学专业开始招收学制5年的外国留学生。设有中西医结合临床博士点，人体解剖与组织胚胎学、生理学、免疫学、病理学和病理生理学、药理学、内科学、外科学、妇产科学、皮肤性病防治学、影像与核医学、中药学、中西医结合基础和临床等13个硕士学位点。其中中西医结合临床为省级重点学科，中药学、免疫学、内科学、外科学、人体解剖与组织胚胎学、生理学、病理与病理生理学为校级重点学科。目前学院有全日制本科学生和硕士研究生2254人，在校外国留学生42名。
扬州大学医学院设有临床医学系、中医学系、护理学系、药学系和基础医学部，拥有基础医学教学实验中心、临床医学教学实验中心、一个药学综合教学实验室。拥有江苏省苏北人民医院、扬州市第一人民医院等四所临床医学院；还有30余所教学实习医院。
学院重视科学研究，近几年共承担国家自然科学基金项目、省重大招标项目等课题30余项，取得了一批高水平的科研成果，产生了显著的社会效益和经济效益。学院设有《实用临床医药杂志》编辑部，该杂志为全国公开发行的核心学术期刊，影响因子0.356，2006年获教育部“首届中国高校优秀期刊奖”。
建校以来，已为国家培养各类高中级医疗卫生人才10000余人，遍及全国各地。学院毕业生以求知欲强，基础理论扎实，实践能力较强，作风朴实而受到用人单位好评，其中一大批成为医疗卫生行业的骨干力量。全国优秀共产党员、劳动模范、白求恩奖章获得者、被誉为“白衣圣人”的吴登云同志，是学院优秀毕业生的杰出代表。