附属儿童医院住院医师规范化培训工作始于1992年，1999年开始儿内科住院医师纳入北京大学医学部继续教育培训。多年来行成了一系列与卫生局及北大医学部相关制度接轨的培训体系：内科住院医师参加北京大学医学部规范化培训，其他科室均参加北京市卫生局住院医师规范化培训。截止到2006年底，已完成培训并通过考核获得证书的有69人。
根据卫生部下发关于专科医师培训制度及准入制度规定，从事临床、医技工作的新毕业的大学生，全部纳入了住院医师规范化培训体系，目前全院参加培训人员114人，在培率100% 。
在培人员学历结构及专业分布
临床科室：儿内科63人，其中博士1人，硕士29人，本科33人；儿外科12人，其中硕士2人，本科10人；其它科室17人，其中硕士5人，本科12人；外院本科2人。
医技：药、放、检、B超共计20人，其中硕士2人；本科10人，专科8人。
在培人员培训年限分布
第一阶段（2004-2006）总计67人。其中北京大学医学部培训41人，北京市卫生局培训26人；
第二阶段（2000-2003）总计47人。其中北京大学医学部培训22人，北京市卫生局培训25人。
培训条件
①医院图书馆开放电子阅览室及建立科图书室，方便住院医师查阅资料文献。
②2005年开始医院每年拨款专项资金10万元用于住院医师培训
③建立激励机制，对通过培训考核的人员给予表扬和奖励，并在晋升、年终评选先进、攻读在职学位诸方面给予优先。
④对外来我院基地参加培训的住院医师，根据相关的文件规定发放生活补贴、加班费、夜班费，所办公会还决定免费提供住宿并给与伙食补贴、过节费等。
截止到2006年底完成第一阶段81人，完成第二阶段62人。