医院创建于1945年，1983年以北京口腔医院为基础成立首都医科大学口腔系，2001年更名为首都医科大学口腔医学院。1996年被国家卫生部评为三级甲等医院，1998年被评为合格临床教学基地。
我院是三级甲等口腔专科医院，现有牙体牙髓科、牙周黏膜科、颌面外科、修复科、儿童口腔科、正畸科、综合科、预防科、急诊科、特诊科、老年口腔病科、特需医疗服务中心等12个临床科室，牙科治疗椅288台，病房拥有床位80张，2006年门诊量达到506797人次。现有职工651人， 医护技人员473人，包括博士生、硕士生导师31名；正、副主任医师100人、中级职称158人。医'学教育网|整理医院还建立了口腔颌面会诊中心、涎腺疾病中心、正畸会诊中心、口腔种植中心等具有较高临床医疗水平的诊疗中心。
口腔临床医学已经被确定为北京市重点学科，口腔正畸学科被确定为北京市卫生系统重点学科，口腔医学院被确定为国家级口腔人才培养基地、教育部高级临床医师培训基地和合格临床教学基地。
我院从1991年就开始了住院医师的培训工作，在卫生局的大力支持下，我院在北京地区率先实行了住院医师培训的人事代理制度。此举不仅能够不受太多限制地进行专业人才的培养，而且促进了竞争，增加了年轻医生学习的动力，并且为医院选择人才、为社会培养人才创造了条件。自住院医师培训工作至今，住院医师培养共147名，截止到2007年4月，我院共有52名住院医师正在进行三年住院医师的培训。在住院医师培训过程中，我院作为北京地区唯一一家口腔专科的住院医师技能考核基地，承担各市卫生局所属、及各区县一、二级医院口腔专业的住院医师的技能考核。