自1991年开始住院医师规范化培训以来，北京回龙观医院已有71名医师完成第一阶段培训，65名医师通过卫生部的住院医师规范化考试，完成第二阶段培训，目前正在接受培训的住院医师有53人。医院建立了完善的住院医师培训体系和规章制度，如住院医师轮转制度，住院医师考勤管理制度，住院医师考核制度，住院医师培训制度等。2005年更新了南琼电子题库系统，使精神科住院医师理论考试真正实现了题库化。2006年成为北京市第一批仅有的3家精神科专科医师培训基地之一。
医院为了解决住院医师培训期间的后顾之忧，在医院内专门设立了住院医师和进修医师宿舍，住院医师福利待遇完全按照卫生局标准执行。