北京中医药大学附属护国寺中医医院、北京针灸医院是一所以中医中药治疗为医疗工作主体，全面承担医疗、教学、科研、预防、社区保健和康复任务的，有着60余年深厚文化底蕴的三级甲等中医专科医院。
护国寺中医医院是北京市最早的公立中医医疗机构。早在六十年代，就作为北京中医学院（现北京中医药大学）的教学、实习医院， 1994年正式成为北京中医药大学附属医院，1996年被评为全国示范中医医院，1999年通过国家教学基地验收，同年被评为全国卫生系统先进单位。该院连续五年被评为首都精神文明建设先进单位和西城区文明示范窗口单位。2002年通过国家ISO质量认证中心“ISO 9001:2000”质量管理的考核验收。2005年，在西城区政府的指导下，以传统的中医中药诊疗为主的护国寺中医医院和以“女儿式服务”著称的厂桥医院强强联合，实现资源的成功整合。2007年被批准为北京市第一家针灸医院—“北京市针灸医院”。2008年6月，我院骨伤科“宫廷正骨”录入了国家非物质文化遗产名录. 2012年医院通过了国家中医药管理局“三级专科医院”的评审验收。
医院现处于一院四址状态，占地面积5637平方米，建筑面积13603平方米。目前开放床位365张，在岗职工587人，大学本科以上学历 240人，其中博士2人，硕士68人，医务人员高级职称64人，中级职称141人。2013年病床使用率95.48 %，年门急诊量974518人次，住院病人7296人次，出院病人7284人次。“女儿式”服务为医院赢得了良好的口碑，深受患者的信赖，患者满意度超过95%以上，两个效益同步增长。
医院开设有内、外、针灸、肿瘤、骨科8个病区；门诊设有内、外、针、骨、妇、儿、皮、眼、五官、口腔、急诊及放射、CT、检验、心电、超声、心脑功能捡查、手术室、中西药房、中西药制剂等科室30余个；有普通门诊、专家门诊为患者提供优质服务，全国著名中医内科专家许鹏龄教授等众多专家定期应诊。
北京中医药大学附属护国寺中医医院、北京针灸医院医院大抓重点专科建设，注重名科、名医的打造。目前，我院有国家级重点专科两个：针灸科及骨伤科，北京市市级诊疗中心三个：中医特色针灸诊疗中心；中医特色骨伤诊疗中心；医'学教育网|整理中医特色肿瘤诊疗中心。我院还成立了吴定寰名医传承工作站,许彭龄名医工作站,张吕夫、鲁承业、周玉宗、金宇安市级基层老中医传承工作室,王居易名医传承工作室，北京市星火“3+3”室站工程项目师生共32人。
在医药卫生体制改革的大潮中，医院充分体现中医医院特色，满足广大患者的需求，医院通过两次三年战略目标的调整，将发展中医特色优势提到了重要的地位，确定了发展名医、名科、名院的“三名”战略，全面打造护国寺中医医院的核心竞争力。医院实施了人才发展战略，开展了全员战略目标培训，体现了现代医院人才战略是根本的原则；医院健全了持续改进的质量管理体系，形成了科学化、规范化、制度化的现代化医院管理模式，创造出具有鲜明特色和文化精神的中医药品牌。