北京世纪坛医院有着悠久的教学历史，良好的教学传统，有着10余年的住院医师培训经历，在培训过程中，逐渐建立起完整的培训考核体系，制定了完善的培训规章制度，培训工作采取指导教师负责制，第一年住院医师实行24小时住院医师负责制，执行考教分离的考评制度。
在住院医师培训方面，1997年正式纳入北京大学住院医师规范化培训体系，按照北京大学住院医师培训大纲和管理模式进行培训，2005年正式纳入北京市专科医师培训体系，目前有专科医师培训基地10个，普通专科8个：内科、外科、神经内科、医学影像科、医学检验科、临床病理科、全科医学科、药剂科，亚专科2个：心血管内科、消化内科。
目前，我院共有97人取得了第一阶段合格证书，62人获得第二阶段合格证书，在培住院医师43人，外院9人。
2005年我院开始接收外院住院医师培训，医院能够按照北京市卫生局标准给予相应的奖金和补贴，各科室奖金数额不等，约600-1300元/月。由于住房条件限制，目前不能为外院住院医师提供住宿条件。