早在1985年我院就已出台《中日友好医院住院医师培训大纲》，建立了住院医师培训制度，1999年根据卫生部《关于实施〈临床住院医师规范化培训试行办法〉的通知》（卫教发[1993]第一号）的文件精神，为在依托我院传统住院医师培训优势的同时，借鉴北京大学医学部住院医师培训经验，经与北大医学部协商，正式将我院临床住院医师纳入北大医学部住院医师培训计划。
截止到2007年6月，我院专科医师培训基地（含亚专科培训基地）共计20个，本院在培住院医师156人，北京市基地代培住院医师18人。
住宿：
我院于2006年耗资50余万元，改造医院宿舍楼，供本院及专科基地代培医师使用。
24小时住院医师负责制：
医院出台《关于实施24小时住院医师管理的暂行规定》，实行24小时住院医师管理制度，同时不定期检查科室及寝室在岗情况，严格执行各项考勤制度。
奖金待遇：北京市代培住院医师享受与本院住院医师同等奖金待遇。