北京儿童医院1988年进行住院医师规范化培训试点，2003年进行专科医师培训试点，试行3＋X培训模式。自1988年以来，完成第二阶段培训的人员总数培训人数218人；自1999年以来，完成第一阶段培训的人员总数109人，目前在培123人（包括本院104人、外院16人）。
北京儿童医院现有2个卫生部认可的培训基地，即：儿内科专科医师培训基地、儿外科专科医师培训基地。基地实行主任负责制，儿内科基地已从2003年接收来自非儿科培训基地的学员，现累计达31人。本院的医生也严格按北京地区儿科专科医师培训细则的要求进行管理，内科系统前3年不分专业，统统参加专业轮转，待取得普通专科阶段合格证书后再进行亚专业培训。
儿内科普通专科阶段的培训要求轮转新生儿、消化、呼吸、心血管、血液、肾脏、神经、ICU、感染、内分泌及风湿、门急诊等专业，每个专业3个月，还要轮转保健、影像、心电图各1个月。要求第1年住院医师做24小时负责制，每晚参加夜巡诊。
儿外科普通专科阶段的培训要求轮转急症、普外、烧伤整形、骨科、泌外、胸外、心外、神外、麻醉及重症、新生儿、肿瘤等专业，每个专业2～3个月，还要轮转门急诊、影像（放射、超声）。要求第1年住院医师做24小时负责制。
培训基地实行严格培训与考核，每个专业轮转结束时1个专业要参加出科考试；还要参加医院组织的年度理论、外语和临床技能考试。如在培训期间遵守医院的各项规章制度和科室管理，完成安排的专业轮转、通过出科考核、年度考核和卫生局组织的北京地区普通专科阶段统考，每年病事假不超过15天，无医德医风和医疗差错事故，即可取得卫生部颁发的普通专科医师培训合格证书。
基地目前能解决远郊区县在培住院医师的住宿，但随着血液及肿瘤中心的建立，将面临不能提供住宿问题，但可协助安排住宿。培训基地能对在培训期间提供一定的生活补贴。对外单位选送人员的生活津贴是按卫生局文件下达的标准发放，即第1年500元、第2年600元、第3年700元。夜班费按实际出勤发放，法定节假日适当给予节日补贴。他们的工资由选送单位发放。
基地现无社会化招生的培训学员。但曾于2004年招收社会化培训学员1名，卫生局下拨专款2万元/年，医院用此款为培训学员上四险，并每月发放工资1100元，加上额外补助生活费和夜班费，学员平均每月收入达1500元左右。由于个人原因，该学员未完成全部培训中途退出。