黑龙江省中医医院前身是成立于1957年的黑龙江省祖国医药研究所，是全国成立最早的省级中医药科研医疗机构之一。
1985年更名为“黑龙江省中医研究院”医学|教育网|搜集整理。为了充分发挥我院的中医医疗优势。
1995年经黑龙江省编委批准加挂了“黑龙江省中医医院”的牌匾，同年被评为三级甲等中医医院；现已发展成为集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药科研医疗机构2001年先后被确定为黑龙江省和哈尔滨市的城镇职工医疗保险定点医院。
2004年获得卫生部、人事部、国家中医药管理局联合授予的“全国卫生系统先进集体”和黑龙江省委授予的“全省小康建设百面红旗集体”荣誉称号。
2008年被国家中医药管理局确定为重点中医院建设项目单位。