山东中医药大学实验中心成立于2005年7月，由原隶属于各学院、教研室的近30个实验室整合而成，包括医、药、文、理4个分中心、12个综合实验平台以及1个动物中心；2008年被评为省级实验教学示范中心，2009年被评为“国家级实验教学示范中心”（建设单位），2013年1月通过教育部专家验收。中心现有建筑面积49277平方米，仪器设备总值达到1.93亿元；年均承担5万余学时教学任务。
中心强化师资队伍建设。拥有一支专兼结合、结构合理、人员稳定的高素质实验队伍。专职人员中12人具有高级技术职称，27人具有硕士及以上学位。中心强调人才梯队建设，制定了青年教师培养“双导师”制，医学|教育网搜集整理针对科研创新能力和实验室管理能力进行重点培养；定期举办实验室青年骨干座谈会、科研讲座等活动；高度重视党建工作，积极开展“创先争优”活动，2012年中心党支部获得“科教兴鲁先锋基层党组织”荣誉称号。