遵义医药高等专科学校于2006年2月17日经国家教育部批准，2006年6月20日正式挂牌成立，由原遵义卫生学校和原遵义中医学校两所国家级重点中专合并组建。学校现有占地面积1394亩，全日制在校高职生近10000人。
2008年，学校荣获国家卫生部“全国无偿献血先进促进奖”；2010年，学校通过了教育教学工作合格评估，2010年、2013年获全省“高职高专院校思想政治教育工作评估优秀”；2012年12月，学校获批为贵州省示范性高职院校；2012年获全省高校网站建设评比第一名；学校是全省精神文明建设工作先进单位、全省“安全稳定综合治理工工作先进单位。