选题阶段：论文的选题，也即是科研的选题，有时一项科研可产生多篇论文。选题过程一般可分为三步：
初拟题目：在这项工作之前必须手中有信息、资料和设想，当然可以是前瞻性研究或回顾性总结，大致可有以下几个方面： ⑴ 临床遇到的罕见病和疑难病例； ⑵ 危重病人的诊治经验； ⑶ 阅读国内外文献、参加学术会议受到的启发，进行技术和方法的移植研究； ⑷ 新药、新仪器的临床应用，新的诊断方法及治疗经验； ⑸ 上级布置或招标的题目。在初步考虑拟选题目之后，应进行全面的文献检索，避免题目类同、结论陈旧和不符合客观事实。医'学教育网|整理在别人研究成果基础上寻找尚未解决的问题作为自己的研究题目。
实验研究阶段：这包括应用国外或国内的先进手段、药物、手术方法、检测等进行临床试用、观察和随访调查，并用动物或正常人作对照试验，要求详细记录各种数据及资料，作为论证和评价成果的依据。
整理、分析资料和总结阶段：对以上资料进行统计分析，绘制图表，临床分析和比较，得出显效、有效和生存率、死亡率、发病率等结论，并分析其相互关系，引证文献作对比。分析成功和失败的原因及制约因素，并对病因学、流行病学、发病机制进行论证，包括预后的估价。最后对论文作出自我评价，提出有待进一步探讨的问题。
撰写论文阶段：该详则祥，该简则简，文字简练，用语准确，恰如其氛，切忌浮夸和虚构。当然，在产生论文以前，每位作者必须学会文献检索，统计学的基础知识的 X2 检验、 T 检验、 F 检验、相关分析、回归运算、如何选择样本大小等，努力阅读医学情报信息和文献积累，在实践中不断总结，逐步提高写作水平，这样才能水到渠成写出真正好的论文。