湘杏学院为独立学院，系湖南中医药大学属下的二级法人机构，实行董事会领导下的院长负责制。董事长由湖南中医药大学校长担任，董事会工作遵循董事会章程。湘杏学院院长为法定代表人，按章程主持全院工作，并向董事会负责。
湖南中医药大学湘杏学院是经教育部和湖南省人民政府批准成立国家承认学历的全日制本科独立学院，系湖南中医药大学属下的二级法人机构。湘杏学院坚持社会主义的教育方针，全面贯彻党的教育路线医学|教育网搜集整理，为社会主义建设培养实用型的中西医药人才为办学宗旨，并积极引进社会资金，增加教育投入，扩大现有办学规模，不断提高教育质量，积极探索社会主义市场经济规律下新的办学模式和运行机制，着力办出湘杏学院的特色，努力打造省内一流的独立学院。