安徽中医药大学研究机构：
截至2014年12月，学校有4个省级科技创新团队医学|教育网|搜集整理，24个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心，建立了安徽省计算机中医应用研究所、临床医学研究所、现代中药研究中心、科研实验中心、药物研究所、中西医结合研究所、新安医学研究中心、中医药研究所、神经病学研究所等研究机构，此外该校还建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。
教育部重点实验室：新安医学教育部重点实验室。
安徽省重点实验室：针灸基础与技术安徽省重点实验室、现代中药安徽省重点实验室、安徽省中药研究与开发重点实验室。
安徽省工程技术研究中心：现代中药安徽省工程技术研究中心。
安徽省2011协同创新中心：安徽道地中药品质提升协同创新中心。
国家中医药管理局中医药科研实验室（基地）：现代中医内科应用基础与开发研究实验室、数字化影像技术实验室、中药药剂实验室、神经生物学（针灸）实验室、免疫实验室、细胞分子生物学（脑病）实验室、慢性阻塞性肺疾病肺气虚证重点研究室、国家中医临床研究基地。