北京胸科医院机构设置：
管理科室：
党委办公室、所务办公室、人事处、科研处、医务处、医保办、护理部、门诊部、保卫处、基建处、离退办、总务处、财务处、审计处、宣传教育处、团委、医患协调办公室。
临床科室：
结核科、肿瘤科、胸外科、骨科、综合科、普内科、放疗科、急诊科、麻醉科、ICU.
医技科室：
放射科、检验科、药剂科、功能科、、心肺功能室、病理科、参比室、病案科、医学工程部、营养科。
研究科室：
细胞生物研究室、菌免疫研究室、结核病分子生物学研究室、药物学研究室、病理解剖研究室、流行病学研究室、中心实验室、动物实验室医|学教育网整理。
其他科室：
工会、纪检办、CDC结核病临床防治中心、图书情报室、信息中心。