《中国医学科学院学报》是由中国医学科学院&中国协和医科大学主办、国内外公开发行的高级综合性医学学术性期刊（双月刊）。
1979年2月，为了及时报道中国医学科学院医药卫生科技人员在科学研究、疾病防治等方面的成果和经验，提高医科院医药卫生工作水平，加强国内外的学术交流，经国家科委批准，创办了《中国医学科学院学报》( Acta Academiae Medicinae Sinicae )。《中国医学科学院学报》创刊号作为向国庆三十周年的献礼，于1979年9月20日问世。
创刊时的《中国医学科学院学报》 (以下简称《学报》)为季刊，64克凸版纸，64页。设有论著、研究工作报告、经验总结、综述、学术讨论、学术活动消息和专题讲座、纪要等栏目，每期附英文目录，论著附英文摘要。封面为蓝色，刊头为陈毅同志亲笔题名。1979年为赠阅，1980年始在国内公开发行，1980年3期开始在国内外公开发行。1982年为适应院校科研成果快速增长的需要，《学报》改为双月刊。1982年为体现院校合一的管理体制， 从第4期开始将学报主办单位由中国医学科学院改为中国医学科学院 中国首都医科大学。1984年《学报》封面改为网纹米黄色，中文刊名改用长体美术字；正文改用80克胶版，并增至80页。1985年随着中国协和医科大学复名，《学报》改为中国医学科学院 中国协和医科大学主办。1988年为保证学报质量，并加强责任制，从第4期开始刊登责任编辑姓名。同年，为进一步提高学报的学术水平，促进院校科研工作的发展，以适应开放和竞争的需要，《学报》开始向国内外开放，吸收院校外具有重要创新和重大科研成果的论文在学报发表。自此，《学报》便由仅刊登本院校来稿的“校自为战”的办刊模式改为面向全国各医疗、科研单位的“开放模式”。
经过近30年的努力，《学报》已办成在国内外具有一定学术影响的高级综合性、学术性生物医学期刊。目前《学报》已被美国生物医学文献联机数据库(Medical Literature Analysis and Retrieval System, MEDLARS/PubMed网络版)及其《医学索引》(Index Medicus, IM)、荷兰医学文摘数据库 (EMBASE)、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》(Chemical Abstracts, CA)、世界卫生组织《医学増补文摘》光盘数据库(ExtraMED)、俄罗斯《文摘杂志》(Рефсратнвньй Журнал, РЖ/AJ)及波兰《哥百尼索引》(Index Copernicus,IC)等世界著名检索系统收录。 同时， 还被国内几乎所有重要的检索期刊及数据库—— 中国科学引文数据库(中国科学院文献情报中心)、中国核心期刊要目总览(第4版)(北京大学图书馆)、中国科技论文统计源数据库（中国科技核心期刊）（中国科学技术信息研究所）、中国科技期刊论文与引文数据库（中国科学技术信息研究所）、万方数据资源系统数字化期刊群（中国科学技术信息研究所）、中国期刊全文数据库及其CNKI系列数据库（中国学术期刊（光盘版）电子杂志社）、中国生物医学文献光盘数据库（中国医学科学院医学信息研究所）、中文生物医学期刊文献数据库（解放军医学图书馆）、中文科技期刊数据库（科学技术部西南信息中心）、中国生物学文献数据库及其《中国生物学文摘》和《中国医学文摘》收录。1992及1996年在国家科委、中宣部和新闻出版署共同举办的第一、二届全国优秀科技期刊评比中分别荣获三等奖和二等奖；是综合性医药卫生类核心期刊和中国被引频次最高的500种科技期刊之一；在2001年新闻出版署主办的“首届中国期刊展”中入选代表我国高水平期刊的“中国期刊方阵双百期刊”；2004 年获卫生部首届医药卫生优秀期刊一等奖和第三届国家期刊奖百种重点期刊奖。