《北京大学学报（医学版）》是由教育部主管、北京大学主办、国内外公开发行的综合性医学学术性期刊（双月刊）。主要报道医学科学领域的最新研究成果，刊登具有国内外先进水平的基础医学、临床医学、预防医学、生物医学、药学及与医学有关的边缘学科的高水平、高质量的研究论文。《学报》根据医学领域研究的前沿或热点课题及当前的重大疾病，每年组织2到4期重点专题。重点专题来稿均为国内各相关领域具有较大学术影响力的学科带头人的研究成果，基本反映了国内这些领域的研究水平。
《学报》自1959年创刊至今，经历了3次更名。最初称为《北京医学院学报》，由北京医学院主办。1985年学校更名为北京医科大学，学报也更名为《北京医科大学学报》。2000年4月北京医科大学与北京大学正式合并，并与同年的5月4日，正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病理生理学家韩启德教授出任医学部的主任。随着学校的更名，2001年《北京医科大学学报》更名为《北京大学学报（医学版）》，主编韩启德院士，编辑部主任曾桂芳。
被各检索系统收录情况：
国外：美国医学文献分析和联机检索系统（MEDLINE/PubMed）、美国EBSCO、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（PЖ）和世界卫生组织《医学增补文摘》（ExtraMED）收录、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（Western Pacific Region Index Medicus）、日本科学技术振兴机构文献数据库（JST）。
国内：中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国生物医学文献数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）和中文核心期刊要目总览（第5版）核心期刊。也是《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》和《中国药学文摘》收录期刊。本刊全文入编万方数字化期刊全文数据库、中国期刊网和中国学术期刊（光盘版）全文数据库。
获奖情况：
1992年全国优秀科技期刊评比三等奖，1997年第二届全国优秀科技期刊评比二等奖，2004年全国高校优秀科技期刊评比一等奖，首届中国高校精品科技期刊奖，第二届中国高校精品科技期刊奖，第三届中国高校精品科技期刊奖，医'学教育网l整理2003年百种中国杰出学术期刊，2004年百种中国杰出学术期刊，2005年百种中国杰出学术期刊，2006年百种中国杰出学术期刊。
栏目设置：
主要栏目有：述评、专家笔谈、论著、疑难/罕见病例分析、科研快、重要进展简报、技术方法、病例报告、短篇论著、工作综述、综述、学科交叉。
另外还有：回顾与展望、院士论坛、海外学者论坛、专题报告、研究简报、经验交流、短篇报道、新技术应用、获奖工作综述、科研工作综述、临床病理讨论、讲座、网络与医学、文献计量与分析、获奖工作简介、新当选院士、为人师表等。