该刊被以下数据库收录：
《第二军医大学学报》不断发展壮大，现已成为国内外有一定地位的学术性刊物：
1、收录情况：
国家新闻出版总署收录、中国知网收录、维普期刊网收录、万方数据库收录、哥白尼索引收录
CA化学文摘(美)、文摘杂志(俄)、文摘与引文数据库收录、农业与生物科学研究中心文摘收录
日本科学技术振兴机构数据库、中国科学引文数据库来源期刊、剑桥科学文摘、医学文摘收录
2、核心期刊：
(1)北大核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、中文核心期刊(2004)
中文核心期刊(2000)、中文核心期刊(1996)、中文核心期刊(1992)
(2)RCCSE 中国权威学术期刊
(3)CSCD 核心期刊(2013-2014年度)(含扩展版)
3、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)
中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)统计源期刊
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
6、影响因子：
截止2014年万方：影响因子：0.507；总被引频次：2471
截止2014年知网：复合影响因子：0.487；综合影响因子：0.344
7、期刊荣誉：
Caj-cd规范获奖期刊
第三届(2005)国家期刊提名奖期刊
2013年被评为“RCCSE中国权威学术期刊”
2012年获第四届中国高校精品科技期刊奖
2011年度获“中国科技论文在线优秀期刊”
2011年被评为"中国百种杰出学术期刊"
2011年被评为"中国精品科技期刊"
2010年获上海市科技期刊审读优秀奖
2010年获第三届中国高校精品科技期刊奖
2010年获第五届全军医学期刊质量评比优秀奖
2008年被评为首批“中国精品科技期刊”
2008年获第二届中国高校精品科技期刊奖
2006年获全国高校优秀科技期刊评比一等奖
2006年获首届中国高校精品科技期刊奖
2004年获全国高校优秀科技期刊评比一等奖
2004年获第四届全军医学期刊质量评比优秀奖
2002年获第二届国家期刊奖百种重点期刊奖
1999年获全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比二等奖
1999年获上海高校优秀自然科学学报评比一等奖