该刊被以下数据库收录：
《北京中医药大学学报》自创刊以来，不断发展壮大，现已成为国内外有一定地位的学术性刊物：
1、收录情况：
国家新闻出版总署收录、中国知网收录、维普期刊网收录、万方数据库、化学文摘、文摘杂志、国际药学文摘、乌利希国际期刊指南、日本科学技术振兴机构数据库、中国科学引文数据库、剑桥科学文摘、剑桥科学文摘社ProQeust数据库、CBST科学技术文献速报、中国学术期刊(光盘版)、中国核心期刊(遴选)数据库收录
2、核心期刊：
(1)北大核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、中文核心期刊(2004)
中文核心期刊(2000)、中文核心期刊(1996)、中文核心期刊(1992)
(2)CSCD 核心期刊(2013-2014年度)(含扩展版)
3、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
6、影响因子：
截止2014年万方：影响因子：1.108；总被引频次：3393
截止2014年知网：复合影响因子：1.187；综合影响因子：0.672
7、期刊荣誉：
中国期刊方阵“双效”期刊
1989年获全国高等医药学院校学报编辑质量优秀学报一等奖
1990年获北京高等学校自然科学学报优秀编辑质量一等奖
1995年获北京市高校系统自然科学学报优秀学报一等奖
1995年获国家中医药管理局颁发的全国中医药优秀期刊二等奖
1996年获中共中央宣传部、国家科学技术委员会、新闻出版署颁发的全国优秀科技期刊三等奖
2000年获国家中医药管理局颁发的全国中医药优秀期刊一等奖
2004年获全国高校优秀科技期刊二等奖
2005、2008年两次获得全国高校科技期刊先进集体称号
2006、2008年两次被教育部科技司评为中国高校精品科技期刊
2009年获得中国高等学校自然科学学报研究会评比的“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”
8、偏重的研究方向：
医药科学、药物学、天然药物化学、药物分析、中医学、中医学其他科学问题
9、投稿录用比例：100%
10、审稿速度：平均5个月的审稿周期
北京中医药大学学报杂志主要栏目：