该刊被以下数据库收录：
《中国中医基础医学杂志》自创刊以来，不断发展壮大，现已成为国内外有一定地位的学术性刊物：
1、收录情况：
国家新闻出版总署收录、中国知网收录、维普期刊网收录、万方数据库收录、化学文摘、中国科学引文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国生物学文摘和文献数据库
2、核心期刊：
(1)北大核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、中文核心期刊(2004)
(2)CSCD 核心期刊(2013-2014年度)(含扩展版)
3、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
6、影响因子：
截止2014年万方：影响因子：0.483；总被引频次：3365
截止2014年知网：复合影响因子：0.526；综合影响因子：0.263
7、期刊荣誉：
Caj-cd规范获奖期刊
中国医学类核心期刊
8、偏重的研究方向：
医药科学、中医学、病因病机、中医学其他科学问题
9、投稿录用比例：50%
10、审稿速度：平均7个月的审稿周期
中国中医基础医学杂志杂志主要栏目：
理论探讨、专家论坛、学术争鸣、实验研究、临床基础、中医方法学、多学科研究、中医文化、医家学术思想研究、经络研究、基层园地
中国中医基础医学杂志杂志社已发表论文目录：
1、胃气概念及其理论的发生学研究邢玉瑞
2、中医治则基本理论问题研究于智敏，周超凡
3、从三虚致疫探讨治疗流感思路翟志光;李志更
4、浅议冠心病从胆论治田俊;邬渊敏;吴敏雨;谈宏强
5、润肺止咳丸的抗炎、祛痰和镇咳作用莫新民,孙淑荣
6、黄金分割律在中医学理论中有重要表现裴雪重,唐韶华,夏一天
7、中医理论特质探源──超越形态结构和实证方法曹丽英，门九章
8、乳腺增生症与乳腺癌中医病因病机探析董敏;潘文;王晓萍;康开彪
9、肺气虚证稳定期慢性阻塞性肺病大鼠模型的建立张葵;滕久祥;彭芝配
10、益冠胶囊抗血栓作用的临床与实验研究刘剑刚,许秀森,季颖,许勇钢
11、补肾填精方对阿尔茨海默病大鼠学习记忆行为的影响赵长安,李恩,赵京山