《哥白尼索引》收录、《医学文摘》收录
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核心期刊：
科技核心期刊(2012)
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北大2008版核心期刊
期刊荣誉：
2001年中国期刊方阵双百期刊
第三届国家期刊奖百种重点期刊奖
1992年第一届全国优秀科技期刊三等奖
1996年第二届全国优秀科技期刊二等奖
2004年卫生部首届医药卫生优秀期刊一等奖
中国医学科学院学报杂志主要栏目：
院士/专家述评、论著、综述、技术和方法、经验交流、研究成果、病例报告、快报
中国医学科学院学报杂志社已发表论文目录：
放射性肝损伤影像学研究现状董天明，安宁豫
中性鞘磷脂酶-2的调控机制与功能研究进展张澜，郭军
碘代谢检测分析方法在甲状腺疾病中的应用韩建华，邱玲
二肽基肽酶-Ⅳ抑制剂的降糖机制研究进展王结胜
Cullin蛋白在生殖系统中的研究进展田烨，赵涵，陈子江
大鼠体外循环模型研究中的若干问题朱斌
弥散加权成像在胃癌诊断治疗中的价值张洁，金征宇
代谢组学在心血管疾病方面的研究进展于正，梁繁荣
盆腹腔手术防黏连药物应用进展任常，朱兰
妊娠合并围产期心肌病患者的围产期处理马璐璐，黄宇光
氧化应激对骨髓间充质干细胞的影响卢文艺，赵明峰
细胞重编程:调节关键基因获得需要细胞庞希宁
皮下埋植系统与2型糖尿病治疗李艳，郭晖
减重手术与多学科综合治疗肥胖症于健春
兔半月板脱细胞基质的制备周预，刘玉杰，黄靖香，赵斌
中国人工流产的现状与对策建议吴尚纯，邱红燕
毛霉菌病的临床特征吴迪，张立民，蒋颖
加强口腔疾病与全身系统性疾病关系的研究张震康
重视老年呼吸疾病,加强老年呼吸学科建设刘长庭，方向群
手术减肥在肥胖2型糖尿病治疗中的作用李玉秀
复杂疾病遗传分析的现状、问题和展望方福德