人事制度：
太医院的人事制度，在通常隋况下，是严格按照品级等第，一步步升迁调动的。院使员缺，由左院判升补；左院判员缺，由右院判转补；右院判员缺，由御医升补；御医员缺，由吏目升补；吏目员缺，由医士升补；医士员缺，由医生升补医|学教育网整理。医官的题授大体是：除院使、院判外，自御医以下遇有缺出，该院堂官首先在内直医宫中选拔提名，申递礼部转咨吏部任命，如内直医官补完，才可从外直应升各宫中选拔，并按俸开列申送。呈报前，有的还须经过考试。这是一般晋升的情况。还有两种特殊情况：一是该院各官员缺，如有奉旨特用的，则遵渝补授；一是该院出现差多人少，不敷遣用时，曾在直隶省民医及举贡生监有职衔的人员中，拣选精通医理并情愿效力者，按一定手续顶补录用。但这类特殊情况，总是不多的。
其他职责：
太医院的主要职责是为宫廷侍直（如上所述）。此外，还承担一些奉旨委派的临时性任务和由该院直接委员从事的较为固定的任务。奉旨委派的临时性任务大体有如下三种：第一，凡诸王、公府及文武大臣请医视疾；第二，外藩、公主、额驸及台吉大臣有疾请医。第三，军营需医，奉旨差官医治。由该院（或会同有关部门）委员从事较为固定的任务，主要有两项：第一，文武会试（由礼部、兵部），顺天乡试（由顺天府）各咨取医生二人，入场供事。至期“由院遴选通晓医理之大方脉科、疮疡科各一人，申送委用”[2].第二，刑部监狱，“由院选派医生二人供役，每月给发药价银米。效力满六年，割回到院，升授吏目”[3].另外，还有一项“关外差遣”任务。康熙三十四年（1695年）决定，向黑龙江默尔根地方派遣良医二人，前往应诊。每年轮换一次。康熙四十五年（1706年）停止。这类差遣为时不长。
御药房：
御药房是内廷采办、储存、配制药品和太医分班侍值的重要机构。御药房分东西两处。西药房归太医院院使、院判、及御医、吏目分班轮直；东药房则归御医、吏目及医士分班轮直。御药房与太医院之间的关系，有个发展变化过程。顺治十年（1653年）规定，御药房隶属于太医院。药品的出入账目则须申报礼部。顺治十六年（1659年）决定，将御药房所有事务都划归太医院管理，不必再向礼部申报。顺治十八年（1661年）决定，将药库拨归礼部管理，太医院需要办置的药物，则须预先开具药单送交礼部。康熙十年（1671年）决定，御药房不再隶属太医院，直接划归内务府，这是个较大的变动。御药房直接划归内务府后，其所需之药品，每月两次，按应用的种类、数目，则径向太医院传取。每三个月，缮折奏销一次。至于御药房配制药物所用的食品、树枝及用具等，则向有关司署传用。如所用红枣、胶枣、荔枝、龙眼等，行掌仪司（掌内庭礼乐之事，并考核太监品级）；兔雀等，行都虞司（总管内府山泽之事），等等。