《药学学报》自1998～2005年来连续8年荣获中国科协“择优支持基础和高科技学术期刊”专项资助。2006~2013年荣获中国科协精品科技期刊工程项目资助。本刊发表的论文具有创新性和前沿性，并具有中国药学特色。论文的学术价值较高，有的达到或领先于国际水平。据不完全统计，近年发表的论文获国际、国家、省、部级奖的比例达10%；基金项目（自然科学基金、国家863、973、十五攻关以及省、部级和国外基金等）的论文达80%。这些基金论文的发表，展示了我国药学研究的最新成果，促进了学术交流，对我国药学事业的发展起到了促进作用。
该刊被以下数据库收录：
《药学学报》杂志不断发展壮大，现已成为国内外有一定地位的学术性刊物：
1、收录情况：
国家新闻出版总署收录、中国知网收录、维普期刊网收录、万方数据库、CA化学文摘(美)、剑桥科学文摘、美国医学索引、英联邦农业文摘、毒物数据库、SciFinder Scholar、CAB健康文摘、荷兰Scopus数据库、乌利希国际期刊指南(美)、哥白尼索引、日本科学技术振兴机构数据库、文摘杂志(俄)、中国药学文摘(CPA)、中国医学文摘、中国生物医学(光盘版)数据库、中国科学引文数据库、国际药学文摘、农业与生物科学研究中心文摘、文摘与引文数据库、医学文摘、国立医学图书馆生物医学检索系统、CBST科学技术文献速报、生物学文摘(预评)、皇家化学学会系统列文摘、中国学术期刊(光盘版)、中国核心期刊(遴选)数据库收录
2、核心期刊：
(1)北大核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、中文核心期刊(2004)
中文核心期刊(2000)、中文核心期刊(1996)、中文核心期刊(1992)
(2)CSCD 核心期刊(2013-2014年度)(含扩展版)
3、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
6、影响因子：
截止2014年万方：影响因子：1.256；总被引频次：4242
截止2014年知网：复合影响因子：1.519；综合影响因子：1.049
7、期刊荣誉：
Caj-cd规范获奖期刊
荣获首届“国家期刊奖”
2001年入选为“中国期刊方阵”双高期刊
2002年第2届“国家期刊奖”百种重点科技期刊
2002年第3届“中国优秀科技期刊奖”