多年来，医院以“以病人为中心，全心全意为儿童服务”为宗旨，大力弘扬“公慈勤和”院训精神，树立医德医风品牌，涌现出全国道德模范、“时代楷模”贾立群同志等杰出代表。北京儿童医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“扶助贫困儿童就医健康基金会”，组织职工为贫困患儿捐款;组织医疗骨干参加援疆援藏计划、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病、唇腭裂患儿活动;举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的关爱。
北京儿童医院先后获得“首都文明单位标兵”、“首都文明服务示范窗口”、“最受欢迎专科医院”、“双十佳人民满意医院”、“北京最受欢迎三甲医院”荣誉称号及“首都劳动奖状”、“全国五一劳动奖状”。