科学研究：“十五”以来，先后承担各类课题1593项，获得纵向课题经费3.12亿元，主持“973”课题2项、国家自然科学基金重点项目12项；作为第一完成单位获国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖5项（“九五”以来共11项），省部级科技成果一等奖21项。2000年以来，我校有5项科研成果7次入选国家公布的年度科技十大新闻。在2004-2006年国家科技部公布的发表论文排名中，我校在全国高校中分别位居第24名、26名、32名；2006年，侯凡凡教授的原创论文在国际顶尖医学杂志《NEnglJMed》（《新英格兰医学杂志》）上发表，影响因子51.296，该成果被美国内科学年报评为“2006年内科学领域最重要的14项研究进展之一”。
医疗实力：广东省18个医学重点专科我校占6个，广东省35项“名医工程项目”我校占9项。第一临床医学院（南方医院）、第二临床医学院（珠江医院）都是高水平综合性教学医院，展开床位3606张。这两所临床医学院拥有5个全军医学研究所、10个全军医学专科中心。在消化病诊治、中西医结合诊疗、肾肝移植、异体手移植、造血干细胞移植、心脑血管介入、创伤修复、新生儿重症救治和围产医学等方面形成了明显的特色优势。南方医院惠侨科被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并得到江泽民同志亲笔题词嘉勉。
产业开发：自20世纪80年代以来，学校以自主研发的“三九胃泰”、“正天丸”、“尿毒清”、“无限极口服液”等产品为龙头，先后成功创办了南方制药厂（“三九集团”的前身）、康臣制药、南方李锦记、东方药林等校办企业。先后研制出了国际上第一个SARS抗原检测试剂盒、第一台国产X刀和国家Ⅰ类新药心脏超声造影剂。近年来，学校继续推进产学研结合，在生物制药、医疗器械、保健品和日用化工等领域新建了一批校办产业。