学校是一所外向型大学，已与澳大利亚、马来西亚、新加坡、台湾、香港等国家和地区的十多个高等院校、科研医疗机构、学术团体合作开办博士、硕士、本科、专升本等各种层次的学生培养；与丹麦、瑞典有关大学达成了互派师生访问和到对方学校选修课程的协议；与美国、德国、日本等二十几个国家和地区开展了经常性的考察、讲学、医疗和学术交流活动，为中医药走向世界做出了贡献。学校是内地第一所招收台湾学生的中医药院校，对台交流与合作是学校的办学特色。现有台港澳学生及外国留学生471名，其中多数为台湾学生。学校还与台湾元培科技大学合作创办影像学专业，与台湾大仁科技大学合作创办食品科学与工程专业；与台湾有关机构开展科研、中药研发、贸易等方面的合作，并组织学生赴台湾参加交流活动。
在新的发展阶段，全校师生医护员工将进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主，多学科协调发展，培养高层次中医药与中西医结合人才，弘扬闽台中医药文化，服务海峡西岸经济区，具有鲜明办学特色的现代外向型中医药知名大学。