学院设有心血管病研究所、肿瘤研究所、神经病学研究所、计划生育研究所、实验动物中心、医学科学研究所、分子生物学实验室7个科学研究机构。在科研方面，学院坚持以具有地方特色的科研项目以及本区的地方病、常见病为主要研究方向。并在"脑脊液细胞学"、"包虫病重组疫苗的研究及包虫病与生态环境的关系研究"、"人类基因功能及遗传研究"、"胃癌器官特异性转移研究"、"生殖工程"以及"宁夏中草药的成份分析及药物作用的开发与研制"等方面取得了较大成果。
新落成的图书馆面积7295平方米，藏书25万册，现全部纳入全国微机联网检索系统。
学院办有《宁夏医学院学报》，面向全国发行，2004年8月荣获全国高校优秀科技期刊优秀编辑出版质量奖。
学院目前拥有附属医院2所(直属附属医院和银川市第一人民医院)，教学医院4所(自治区人民医院、石嘴山市第一人民医院、上海第七人民医院、上海浦东公利医院)，有50余所区内各市、县医院或卫生保健单位及北京、上海、陕西、内蒙古等地医疗单位作为学院的生产实习和见习基地，可基本完成学生每年的临床生产实习任务。
学院附属医院是一所专科齐全、设备完善、拥有1200个床位的综合性医院。心血管内外科、神经内外科、肿瘤内外科、烧伤科、放射和放疗科等科室的业务技术在区内占有相当优势。拥有核磁共振诊断仪、GE 8排螺旋CT、贝克曼cx-5型全自动生化分析仪、Philip V5000DSA、Vaxian直线加速器等大批国内外先进的高、精、尖现代化的医疗设备，特别是最近又新建了全区最大的16000平方米现代化门诊大楼，日接诊病人3200人次，基本上实现了检查、治疗手段现代化。目前能开展心内直视手术、心脏瓣膜植换、脑干肿瘤切除，异体肝、肾脏移植、人工关节置换等高难度手术，在抢救危重病人和诊治疑难病症方面成绩卓著，荣获“三级甲等医院”和“全国优质服务百家医院”。第二附属医院被国家卫生部 授予国际紧急救援中心网络医院，荣获“三级甲等医院”资格。学院非隶属关系第二附属医院现有床位800张，设有急救等5个医疗中心，年门诊急诊诊疗46万人次;1998年被评为三级甲等医院，1999年被授予第一批卫生部国际紧急救援中心网络医院。
现任院长孙涛，神经外科学教授、主任医师、硕士研究生导师，山东大学兼职博士生导师。获宁夏医学院学士、首都医学院硕士学位，赴日留学一年回国。他是宁夏神经外科学科带头人，国际神经外科联合会会员、中华神经外科学会功能神经外科专业委员会委员，《中华神经外科杂志》等六种期刊编委。1991 年荣获宁夏自治区"新长征突击手"，1995年获宁夏自治区"十大杰出白衣卫士"，1996年入选宁夏自治区"跨世纪学术带头人"，1999年被列为国家"百千万人才工程"第三层次人选，并获国务院政府特殊津贴，2002年获国家卫生部有突出贡献中青年专家称号，党的十六大代表、全国“五一”劳动奖章获得者，是宁夏自治区乃至全国有影响的神经外科专业的青年专家。