2008年以来，先后承担国家重大科学研究计划项目、973课题、863项目和国家自然科学基金项目等国家级科研项目350余项，有3个科研团队入选教育部创新团队，有11人被评为教育部新世纪优秀人才。荣获国家科技进步奖二等奖、高等学校科技奖、中华医学科技奖和吉林省科技进步奖（二等奖以上）72项。以第一署名单位在《Nature》《Lancet Neurology》《Hepatology》等学术期刊发表了一批高水平学术论文。
现有集医疗、教学、科研、预防、保健和康复于一体的附属医院4所，其中综合医院3所、口腔专科医院1所，均为三级甲等医院，综合医院还设有分部5个。医院系统现有在编职工总人数6010人，其中卫生技术系列人员5077人。附属医院总占地面积369827平方米，总建筑面积661652平方米；床位数14503张；固定资产总价值37.13亿元。设有154个临床科室、44个医技科室。2012年附属医院门诊总量4915665人次，总出院病人数362084人次；手术量117258例，附属医院业务总收入74.79亿元。截止2012年底，附属医院共有国家级临床重点专科建设项目21个，吉林省医疗质量控制中心17个，吉林大学临床疾病诊疗中心14个；吉林大学白求恩名医奖获得者35名，吉林大学医疗成果奖636项。