1950年2月，中央人民政府政务院决定，上海同济大学医学院及其附属同济医院内迁武汉，与武汉大学医学院合并，命名为“中南同济医学院”，由中南军政委员会卫生部主管。1955年3月，同济医院从沪迁汉，完成后期部分的迁院工作。1955年6月，汉口协和医院划归中南同济医学院作为附属医院，标志同济迁校建校任务完成。
1955年8月，中南同济医学院更名为武汉医学院。唐哲任武汉医学院院长。同年，山东医学院卫生系学生及部分教师调整来汉与该院公共卫生学馆师生合并，建立了卫生系。1956年学院开始招收研究生。1962年，经卫生部批准，武汉医学院在全国医学院校中第一批改为六年制。同年，在医学系增
设了德语医学班，并在部分年级开设了德语普通班。
从1966年开始，“文化大革命”十年动乱，学校连续5年未招收学生。1971年，开始招收工农兵学员。1972年增设药学系。1978年，学校在卫生系基础上增设环境医学专业。从此，全院各学科恢复招收研究生。1980年，医学系恢复德语医学班，学制为六年。1981年11月，经国务院学位委员会批准，学校为首批博士、硕士和学士学位授予单位。1982年建立卫生管理干部培训中心，并开设三年制卫生管理专修课。1984年，吴在德任武汉医学院院长，裘法祖任名誉院长。
1985年7月，武汉医学院改名为同济医科大学。从1985年起，在学生中试行学分制和学年制相结合的新制度。1986年，正式成立法医系。1987年2月，在马列主义教研室的基础上，成立了社会科学部。同年实行校长负责制。1988年创办七年制临床医学专业。1989年，临床医学专业开始招收留学生，同年，恢复党委领导下的校长负责制。1991年成立妇幼卫生系。批准建立基础医学博士后科研流动站。1992年10月，“中国医学科学院武汉分院”挂牌学校。1993年，“中国预防医学科学院武汉分院”挂牌学校。同年成立预防医学系、环境医学系、卫生管理系、教育技术中心。1994年11月，批准建立临床医学和公共卫生与预防医学博士后科研流动站。1997年，学校全面实行学分制。2000年，新增生物一级学科博士后科研流动站。
2000年元月，经过精心准备，科主任负责制正式实施。同时在中级以下医、护、技人员中开始实行末位淘汰制。
2000年5月26日，同济医科大学与华中理工大学、武汉城市建设学院合并，共同组建华中科技大学，直属教育部。实行4部一省共建的办学体制
2000年6月15日中共华中科技大学委员会决定，成立华中科技大学同济医学院，建立华中科技大学同济医学院委员会。华中科技大学同济医学院实行党委领导下院长负责制。