学校形成了鲜明的中医药学科特色与优势。有国家重点学科1个，国家中医药管理局重点学科11个，湖南省重点学科8个。拥有中医学、中西医结合博士后2个科研流动站；有博士学位授权点13个，硕士学位授权点17个。中医诊断学学科在本学科研究领域居国内领先水平。学校的优势科研项目有病证诊疗标准化研究，中药超微技术研究，针灸、经络原理研究，妇科血症研究，中药材育种、栽培、管理、标准化研究，心脑血管病、肝病、眼底病、免疫性疾病等疑难病证的防治研究等，并打造了相应的科技创新团队。
学校注重科技平台的建设。建设有实验动物中心1个，教育部工程研究中心1个、教育部省部共建重点实验室1个、国家中医药管理局重点研究室2个，国家中医药管理局三级中医药科研实验室11个，省级重点实验室3个、省普通高等学校重点实验室4个。近些年来，学校共承担“973”、国家自然科学基金等国家、省部级科研课题672项，获国家级及省部级科技成果奖82项。开发中药新药51个，科技成果转让41项，科技开发和新药转让费7518万元，其中蔡光先教授主持研发的“超微速溶中药”在国内外产生了很大的影响，其成果转让费达3600万元。获国家专利18项。学校研发的乙肝宁、古汉养生精、超微中药系列饮片、妇科千金片等产品已成为湖南省知名中药企业的拳头产品。通过项目实施带动湖南省42个GAP基地建设，中药种植面积达70万亩，年度新增产值7亿元。学校形成了良好的学术氛围，办有《湖南中医药大学学报》、《湖南中医杂志》、《东方药膳杂志》三种公开发行学术期刊，为核心期刊和统计源期刊。
学校有直属附属医院3所，非直属附属医院8所，拥有病床7850张。第一附属医院被列为国家中医临床研究基地建设单位，第二附属医院被列为全国重点建设中医院，附属中西医结合医院为十所全国重点建设中西医结合医院之一。附属医院医疗设施先进，临床科室设置齐全，拥有一批知名的中医临床专家。拥有肝病、眼底病、皮肤疮疡病、肛肠病、儿科、骨伤科、不孕不育科、心血管内科、脑病、肿瘤等11个国家重点中医专科（专病）中心。有国家药品临床研究基地3个。
学校积极开展国际交流与合作，拓展外部发展空间。我校为全国高等中医药院校中首批招收港澳台及外国留学生的单位，为国家局中医药国际合作基地。现有在籍留学生和港澳台学生450人。湖南国际针灸培训中心设于我校，已为28个国家和地区培训了700多名学员。1990年以来，学校先后多次选派专家、教授赴英国等20多个国家和地区留学访问，并派出数批医疗队赴俄罗斯等多个国家防病治病。与美、英、日等国家的高等学校和科研机构开展合作；与加拿大中央学院、香港大学、澳门科技大学等建立了医疗、教学、科研合作关系。